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生育功能正常的男性也可以出现部分畸形精子。只有精子畸形达到一定数量才会影响生育能力。各种畸形对生育的影响并不相同。精子头异常大于70%时可能会影响生育，圆锥形精子头超过10%或不规则精子头超过50%都属不正常。中段缺陷或尾部畸形超过25%属不正常。如不成熟精子超过0.5%，则意味着精子产生或成熟过程出现障碍。如果有70%的精子形态异常，特别妻子有习惯性流产时，应进行染色体检查，以排除男方有染色体异常的可能。
在正常情况下，精子外形呈蝌蚪状，分头、体、尾三部分。具有正常生育力的男性，其正常形态的精子应为80%-85%以上。如果畸形率超过20%则可造成不育。精液中未成熟精子如超过2%或者3%，则提示睾丸受损害。
畸形精子增多，是比较常见的男性不育因素。在正常情况下，那性的精子密度的低线是≥两千万，一般要在六千万以上，而在精子分级中，A级活动力精子≥25%，而具有正常形态的精子数<30%。
精子畸形头部畸形：如大头，小头，双头等;中段畸形：如残余胞浆，弯曲畸形等;鞭毛畸形：如鞭毛缺失，双鞭毛，短鞭毛等;混合畸形：即同一精子具有两种或两种以上的畸形。精子畸形反映了睾丸生精功能障碍。如精索静脉曲张，病毒感染，精神性应激反应，过敏反应，均可引起睾丸生精功能障碍，畸形精子增多，其后果是造成不孕，习惯性流产，胎儿畸形，新生儿弱智等情况的发生。
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