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同淋菌性尿道炎一样，非淋菌性尿道炎也多发生于青年性旺盛期，25岁以下占60%。60年代以来非淋菌性尿道炎发病率骤增，在欧美已超过淋菌性尿道炎居性传播疾患发病率的首位。80年代美国每年新发生的病例达300-1000万人。
(一)衣原体
根据许多报告，非淋菌性尿道炎中30%-50%，淋菌性尿道炎病人中20%和性活动强但无尿道炎症状的人中0.5%，以目前常用的培养方法，尿道分泌物可培养出衣原体。女性病人因多数无症状或仅表现为白带增多等妇科症状，难以确定其发病率，有人估计女性病人可能为男性的4倍。衣原体是一种寄附于腺上皮细胞胞浆内的微生物。呈球型，有特殊的生长周期。每个生长周期有两种发育型。感染型为原体(elementary body)呈球形，大小介于细菌与病毒之间(300-400mm)。原体可在细胞外生存，有感染性。当其附着在易感细胞表面时，被细胞吞饮，在细胞内原体变成另一种繁殖型。繁殖型即始体(initial body)始体呈圆形或椭圆形。始体按二分裂方式繁殖，较后始体重新组织成原体，从细胞内释放出来，再感染其他健康易感细胞。整个生长周期为72h。衣原体分类：1、鹦鹉热衣原体。2、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis) 沙眼衣原体至少有15个血清型。D-K8种血清型与NGU有关。L1、L2、L33个型与性病性淋巴肉芽肿(第四性病)有关。
(二)支原体
1、人型支原体(mycoplasma hominis)支原体对外界环境抵抗力弱，45℃15min即可被杀死。对肥皂、酒精、四环素、红霉素敏感。衣原体除致成尿道炎、眼结膜炎外，还可致成其他生殖器官炎症，如附睾炎、前裂腺炎、宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等。新生儿通过感染的产道可诱发眼结膜炎、肺炎。男性同性恋者，可患直肠炎及咽炎。
2、分解尿素支原体(ureaplasma ure-alyticum)是一种原核微生物。能产生尿素分解酶分解尿素。呈球杆状。因其缺乏坚硬的细胞膜，故不为青霉素所抑制，四环素、红霉素、壮观霉素对之有效。现已从人类泌尿生殖道分离出来7种支原体，其中分离率较高而与泌尿生殖道疾病有关，是分解尿素支原体，其次是人型支原体。婴儿或无性交接触的女性生殖道内找不到分解尿素支原体。而性生活越乱，这种支原体阳性率也越高。Mc Donald 1982年报告587例急性尿道炎症状病人中，209例(36%)中段尿中分离出分解尿素支原体。
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